Les enquêtes du BEAmer peuvent porter sur les navires civils battant pavillon français où qu’ils se trouvent, ainsi que sur les navires civils battant un autre pavillon lorsque l’événement de mer s’est produit dans les eaux intérieures ou dans la mer territoriale française. Sont également concernés les événements de mer où qu’ils se soient produits qui ont coûté la vie ou infligé des blessures graves à des ressortissants français, ou causé ou menacé de causer un grave préjudice au territoire français, à l’environnement, aux installations ou ouvrages sur lesquels la France exerce sa juridiction.